Республиканский Коммандос рассказывает историю Команды Дельта, элитного отряда клонов коммандос, через выполнение отрядом трех миссий в течение Войны Клонов. Обученные Мандалорианскими наемниками, таким как Уолоном Во и Калом Скиратой, коммандос более опытнее чем их неприметные братья клоны, подвергшиеся реальным тренировкам, а не обученные простыми компьютерными симуляторам. Все клоны коммандос имеют большой выбор разнообразного оружия и прочего оборудования.

Игра охватывает действие Команды Дельта в трех местах - планета Джеонозис, покинутый Штурмовой корабль класса Аккламатор-I, известный как Обвинитель и планета Кашиик. В каждом месте, игрок должен выполнить командой серию задач, при этом сражаясь с вражескими силами, от простых боевых дроидов до работорговцев Трандошан. В течение всей игры игроку помогает советами клона CT-01/425, который также обновляет цели миссии после выполнения задач предыдущей.

Игра помогает восполнить промежуток времени, происходящий между Эпизодом II: Атака Клонов и Эпизод III: Месть Ситов. Разработчики игры считают, что если романы и фильмы описаны с точки зрения Джедая, то Республиканский Коммандос - с точки зрения солдат.