Дополнительные жизни: Увеличить запас жизней на уровнях 2-3 можешь так. Доберись до самолета, войди в лифт и поднимись на верхний этаж. Там иди направо и ищи второй лифт, спускайся на нем и стреляй в последнюю на уровне коробку - там находятся две дополнительные жизни. Если ты их возьмешь и позволишь Шиноби умереть, то потеряешь одну жизнь, но у тебя останется еще одна дополнительная жизнь. Если ты будешь повторять эти действия, то накопишь 9 жизней. Получить еще больше жизней на уровнях 2-4 можно, если, добравшись до миссии 4, подойти к краю первого выступа, прыгнуть и выполнить прыжок Радуги. Под конвейером появится коробка с двумя дополнительными жизнями, нужно прыгнуть и схватить их. При этом Шиноби погибнет, но в прыжке получит одну дополнительную жизнь. Если эти действия повторить многократно, то можно пополнить запас жизней.
Неограниченный запас сюрикенов: В режиме опций можно установить бесконечный запас сюрикенов. Для этого вначале выбери количество сюрикенов 00, выжди 15 секунд и ты получишь, чего хотел (комбинация 00 заменится символом бесконечности).
Самое мощное оружие: В игре самое мощное оружие - удар радугой. В комбинации с бесконечным запасом сюрикенов этот прием делает Шиноби практически неуязвимым. Для выполнения удара нажми JUMP на пульте, затем быстро нажми Вверх и снова JUMP. Шиноби исполнит кульбит, во время которого нажми В - Шиноби метнет сразу 8 сюрикенов, это и есть удар радугой.
Получение бонуса: Если в конце уровня у тебя останется сюрикенов ровно в одиннадцать раз больше, чем жизней, то ты получишь бонус.
Сохранение жизни Наоко: Ты спасешь Наоко, если выведешь из строя шестереночный механизм бетонной плиты. Делается это так: стоя возле правой стены, используй прыжок Радуги. Некоторые из твоих сюрикенов попадут в Зедо, а некоторые выведут из строя этот механизм. Повреждение страшной машины сопровождается соответствующим скрежетанием. Но она остановится только на две-три секунды, после чего вновь придет в движение.
Легкий способ победить Зедо: Уничтожить Зедо тебе поможет магия, которую ты соберешь на восьмом уровне (прибереги ее для этого случая). Очутившись в зале, где ты будешь с ним биться, сразу воспользуйся магией Иказучи. Действуй следующим образом: как только Зедо окажется на полу, приготовившись к схватке, присядь рядом с ним и стреляй. Действие магии длится около 10 секунд. Как только они истекут, повтори те же самые действия.
Побег из лабиринта в финале: На уровнях 8-2 можно быстро покинуть лабиринт. Для этого, войдя в него, двигайся направо, перепрыгнув через первую круглую дверь. Проходи вниз и направо, в маленькую комнату вниз. Войди в следующую круглую дверь, затем в круглую дверь справа. Проходя через нее, держи нажатой кнопку ->, чтобы не упасть в колодец, который расположен сразу за дверью. Двигайся направо и перепрыгни первую круглую дверь. Дойдя до тупика, поверни налево, пригнись и прыгни в небольшое отверстие. Там собери все полезные предметы, через маленькое отверстие покинь тайную комнату и иди наверх, прыгая с одной деревянной платформы на другую. Добравшись до самого верха, снова иди налево, пока не упрешься в тупик. Теперь двигайся наверх и направо, войди в самую дальнюю с правой стороны круглую дверь. Продолжай двигаться вправо, пока не доберешься до стены. Прыгни на нее и проберись через маленький лаз. На другой стороне стены спрыгни вниз, но так, чтобы, спрыгивая, не попасть в дверь, расположенную внизу. Перепрыгни через дверь, расположенную справа, - и приземлишься между двумя ящиками. Иди налево, не забудь под стенами пригнуться. Войди в первую круглую дверь, встретившуюся тебе после снайперов. Теперь иди налево и уничтожь летающих ниндзя. Войди в крайнюю левую нижнюю дверь -таким образом ты выйдешь из лабиринта.